Daten aus lattice panel.functions übernehmen

Programmierung und Formatierung von Grafiken und Plots mit R.

Daten aus lattice panel.functions übernehmen

Beitragvon a.peters@e-nema.de » Do 14. Sep 2017, 16:39

Hallo zusammen

Für die Auswertung von Biotestdaten nutze ich lattice und berechne in der Funktion auch eine Ausgleichskurve deren Parameter ich auf die Panels mit panel.text drucke. Diese Parameter hätte ich gern auch gesichert, z.B. in einem vector oder idealerweise im urspünglichen data.frame.


Weiss jemand eine Lösung?

Hier mein Quelltext:

library(lattice)
library(boot)
## read in bioassay data in format: Treatment Dose dead alive total
## procedure is for variable data=biotest
Ergeb<-data.frame(b=real,a=real,LD50=real,LD90=real)
xyplot(dead~dose|Proc, data=biotest,main="Logit",
xlab="IJs/mealworm",ylab="dead (n=40)",
panel=function(x,y,..){
pred<-nls(y~inv.logit(b*log(x)+a)*40,start=list(b=1,a=-1))
panel.xyplot(x,y)
panel.lines(x,predict(pred))
panel.text("b: ",x=10,y=25)
panel.text(signif(coef(pred)[1],2),x=15,y=25)
panel.text("a: ",x=10,y=18)
panel.text(signif(coef(pred)[2],2),x=15,y=18)
panel.text("LD50:",x=10,y=11)
panel.text(signif(exp(-coef(pred)[2]/coef(pred)[1]),2),x=15,y=11)
panel.text("LD90:",x=10,y=4)
panel.text(signif(exp(logit(0.9)-coef(pred)[2]/coef(pred)[1]),2),x=15,y=4)
})

Und hier ein Auszug aus dem dataframe:
Proc nematode dose dead total
1 UB25B0 Hb 0 2 40
2 UB25B0 Hb 5 10 40
3 UB25B0 Hb 10 20 40
4 UB25B0 Hb 20 21 40
5 UB25B0 Hb 30 30 40
6 UB2590 Hb 0 3 40
7 UB2590 Hb 5 16 40
8 UB2590 Hb 10 20 40
9 UB2590 Hb 20 32 40
10 UB2590 Hb 30 33 40
a.peters@e-nema.de
 
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