GWAS - Studentin verzweifelt

Allgemeine Fragen zur Programmierung mit R.

GWAS - Studentin verzweifelt

Beitragvon Lena12 » Di 9. Jan 2018, 22:15

Hallo alle zusammen,
ich bin R Anfängerin, muss mich allerdings Uni bedingt damit auseinandersetzen.

Bisher hat auch alles geklappt.
Ich habe das Package rrBLUP installiert und die Datensätze eingelesen.
Das sieht dann ungefähr so aus:
Code: Alles auswählen
> head(NTest)
  Genotype Heading
1    Line1          98
2    Line2          89
3    Line3          95
4    Line4          91
5    Line5          96
6    Line6          97
> head(yy)
  Marker Chr   pos
1  AAAAA R01  1151
2  AAAAB R01  6918
3  AAAAD R01 21546
4  AAAAE R01 31071
5  AAAAF R01 33667
6  AAAAG R01 34057

Ich kann nicht die ganzen Datenhochladen, da es einfach zu viele sind.
Ausserdem noch als Info:
> str(NTest)
'data.frame': 176 obs. of 2 variables:
$ Genotype : Factor w/ 176 levels "Line1","Line10",..: 1 89 100 111 122 133 144 155 166 2 ...
$ Heading2014: int 98 89 95 91 96 97 93 110 95 106 ...
> str(yy)
'data.frame': 48341 obs. of 3 variables:
$ Marker: Factor w/ 48341 levels "AAAAA","AAAAB",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Chr : Factor w/ 12 levels "R01","R02","R03",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ pos : int 1151 6918 21546 31071 33667 34057 38389 50592 123009 126942 ...

nun möchte ich dies mit dem Befehl GWAS verrechnen und nutze den Befehl
Code: Alles auswählen
> GWAS(pheno = NTest, geno = yy, fixed = NULL, K=NULL, n.PC = 0, min.MAF = 0.05, n.core = 1, P3D = TRUE, plot = TRUE)
Fehler in if (na.rm) x <- x[!is.na(x)] :
  Fehlender Wert, wo TRUE/FALSE nötig ist

Dort bekomme ich diese Fehlermeldung. Hat jemand eine Idee wie ich dies ändern könnte? Ich kann noch nicht mal genau sagen, wofür dieser Fehler steht.
Ich bin für jede Hilfe sehr dankbar!
Liebe Grüße
Lena12
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Re: GWAS - Studentin verzweifelt

Beitragvon Lena12 » Mi 10. Jan 2018, 15:55

Hallo Zaungast!
Vielen Dank schon mal für die Hilfe, ich habe tatsächlich vergessen, eine andere Tabelle mit zu integrieren.
Das habe ich geändert:
Code: Alles auswählen
> str(Marker3)
'data.frame':   48341 obs. of  178 variables:
$ Chr    : Factor w/ 12 levels "R01","R02","R03",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ pos    : int  1151 6918 21546 31071 33667 34057 38389 50592 123009 126942 ...
$ Line1  : num  -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 ...
$ Line10 : num  -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 ...
$ Line100: num  1 1 NA -1 1 1 1 1 1 1 ...
$ Line101: num  1 1 1 -1 1 1 1 1 1 1 ...
$ Line102: num  -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 ...
$ Line103: num  1 1 NA -1 1 1 1 1 1 1 ...
$ Line104: num  -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 NA ...


Und dann freut man sich, dass man den Fehler gefunden hat und dann kommt das:
Code: Alles auswählen
> GWAS(pheno = yy, geno = Marker3)
[1] "GWAS for trait: Chr"
Fehler in GWAS(pheno = yy, geno = Marker3) :
  The following lines have phenotypes but no genotypes: AAAAA AAAAB AAAAD AAAAE AAAAF AAAAG AAAAI AAAAL AAAAR AAAAS AAAAT AAAAU AAAAX AAAAY AAABB AAABG AAABJ AAABK AAABM AAABP AAABR AAABW AAABX AAABY AAABZ AAACC AAACK AAACM AAACO AAACT AAACU AAACV AAACW AAACX AAACY AAACZ AAADD AAADF AAADK AAADM AAADN AAADP AAADS AAADT AAADV AAADY AAADZ AAAEA AAAEC AAAEG AAAEH AAAEI AAAEJ AAAEL AAAEP AAAEQ AAAER AAAES AAAHJ AAAIF AAAJJ AAAJL AAARJ AAARK AAARL AAATS AABAD AABAF AABIT AABIU AABJC AABMR AABQT AABVX AABWB AABYB AABYC AABZN AABZO AACAD AACAO AACBG AACBH AACBJ AACCO AACGB AACHY AACHZ AACIA AACIF AACIG AACIO AACIQ AACIV AACIW AACJB AACJE AACJM AACJP AACQA AACQG AACQM AACQO AACQP AACRZ AACTK AACTY AACYB AACYW AACZC AACZD AACZF AACZG AACZH AACZI AACZL AACZN AACZP AACZS AACZT AACZU AACZW AACZZ AADAB AADAD AADAE AADAF AADAH AADAI AADAJ AADAL AADAM AADAS AADAX AADAY AADAZ AADBB AADBC AADBF AADBH AADBI AADBK AADBL AADBN AADBO AADBP AADBS AADBT AADBU AADBW AADBY AADBZ AADCA AADCF AADJN AADJO


Hat jemand eine Idee? Ich habe die erste Spalte in Marker gelöscht. Dort standen die Markernamen sonst doppelt.

Liebe Grüße,
Helena
Lena12
 
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