heatmap mit ggplot

Programmierung und Formatierung von Grafiken und Plots mit R.

Re: heatmap mit ggplot

Beitragvon ruedi_br » Do 15. Feb 2018, 13:02

In dem Code geht es m.E. etwas durcheinander mit den Bezeichnern:
Code: Alles auswählen
test <- read.csv("~/Desktop/HLH_MAS_3.csv", sep=",", dec=".", header=TRUE, row.names=1)
condition_colors <- unlist(lapply(rownames(HLH_MAS_3),function(x){
if(grepl("HC",x))'#FF0000'#red
else if(grepl('SJIA',x))'#4E18E2'#blue

}))
input <- as.matrix(t(HLH_MAS_3))

heatmap.2(input, trace="none", density="none", col=bluered(20), cexRow=1, cexCol=0.2) margins=c(20,13)
ColSideColors=condition_colors
hclust=function(x) hclust(x,method="average")

read.csv schreibt nach "test"
"Input" erhält die die Matrix HLH_MAS_3 zugewiesen - wie bitte kommt die in das Skript?
Oder ist dieser Code zwischenzeitlich überholt?
ruedi_br
 
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