aggregate funktion mit mehreren Gruppierungen

Allgemeine Fragen zur Programmierung mit R.

aggregate funktion mit mehreren Gruppierungen

Beitragvon lefrcom » Di 9. Jul 2019, 13:24

Hallo,
Ich habe ein R-Script mit einer Zeile, die ich nicht vollständig durchschaue:
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KSData= aggregate(log2FC ~ Kinase.Gene+Substrate.Gene+Substrate.Mod+Source, data=KSData, FUN=mean)

KSData sieht wie folgt aus:
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    Kinase.Gene Substrate.Gene Substrate.Mod              Peptide           p        FC       log2FC          Source
364        ABL1          RBM39           Y95            YRSPYSGPK            0.019590948     1.6158045      0.692252615     PhosphoSitePlus
8           AKT1         AKT1S1          T246            LNTSDFQK             0.800879536     0.8909224     -0.166628324     PhosphoSitePlus
121        AKT1          EPHA2          S897           LPSTSGSEGVPFR         0.500658346     0.7052020     -0.503891606     PhosphoSitePlus

Liege ich richtig mit der Annahme, dass die Aggregate-Funktion, die ja hier Kinase.Gene, Substrate.Gene, Substrate.Mod und Source enthält erst die Spalte Kinase.Gene gruppiert, innerhalb der dort erstellten Gruppen dann Substrate.Gene gruppiert und so weiter und dann am Ende von den übrig gebliebenen Elementen in der letzten Gruppe den Mittelwert des log2FC bildet? Oder wie muss ich mir das vorstellen, wie der mean Log2FC gebildet wird?
Bei einer gruppierung kann ich mir das vorstellen aber wie läuft dass bei mehreren gruppierungn?

Danke für jede Hilfe!
lefrcom
 
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Re: aggregate funktion mit mehreren Gruppierungen

Beitragvon jogo » Di 9. Jul 2019, 22:38

Hallo lefrcom,

ich kann nicht nachvollziehen, woher die Spalten p, FC und Peptide im Ergebnis kommen.
Bist Du Dir sicher, dass der Code und das Ergebnis zusammen gehören?

Gruß, Jörg
jogo
 
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